1999年10月2日，作为当时澳门连接内地的唯一陆路口岸——拱北口岸新联检大楼正式启用，共建有66条查验通道，设计日通关客流量15万人次，预计可以满足未来10年至15年的通关需求。
但澳门与内地“大通关”发展速度超出所有人的想象。随着国家陆续出台CEPA、“自由行”等一系列政策举措，仅过了不到5年，新联检大楼查验通道的使用率已接近饱和。
2002年，蔡奕平这位全国公安机关爱民模范，创造了年查验旅客54万人次的全国边检系统单警验放纪录，这个纪录至今未被打破。
具有里程碑意义的事件发生在2005年3月。在原公安部出入境管理局指导和支持下，珠海边检总站研发的旅客自助查验通道率先在拱北口岸试运行，电子化通关迈出了实质性的一步。次年2月，24条崭新的边检自助查验通道在拱北口岸出入境大厅启用。自助查验通道人均通关时间仅10秒左右，相比传统人工查验方式，查验效率有了质的飞跃。截至目前，珠海边检总站已在各口岸建设自助查验通道近400条，有近80%的旅客实现自助通关，“秒放”成为通关新常态。
横琴口岸在2000年3月28日正式启用，成为珠澳两地的第二条陆路通道;2006年12月8日，两地首个24小时通关口岸——珠澳跨境工业区专用口岸启用;同一时期，与澳门一江之隔的湾仔口岸也从开通时的每天两班船，发展到每天十多班船;2013年，历时3年多的拱北口岸“两翼”改扩建工程建成投入使用，新增53条查验通道;2014年，拱北口岸再次延长通关时间2小时，即早上6时通关到次日凌晨1时，横琴口岸实行24小时通关，跨境工业区专用口岸扩大通关人群范围;2018年，拱北口岸重新调整完善查验通道布局，新增50条自助查验通道，实现了中国公民出入境排队通关等候时间不超过30分钟的目标。拱北口岸这个曾经不起眼的渔村小关口，已经连续7年位居全国客流第一大口岸，发展成为世界上最繁忙的陆路口岸之一。
2018年10月24日，“合作查验、一次放行”新型通关模式在港珠澳大桥珠澳口岸成功落地。截至目前，已累计查验旅客超过260万人次，在便利粤澳人员往来方面发挥着越来越重要的作用。
在即将开通的新横琴口岸，国务院已经批准澳门将莲花口岸搬迁至横琴并实施“合作查验、一次放行”模式，共建设合作查验通道69条。此外，正在紧张规划建设的粤澳新通道——青茂口岸，也将采用这一创新查验模式，珠澳口岸的发展已经从“硬连接”迈向“软融通”的全新阶段。
珠海边检总站不断深化改革创新，不断细化通关便利措施以满足不同群体的通关需求。通过开设学童专用通道，为在珠海居住在澳门上学的学生提供便利，每年惠及跨境学童180万人次;实现“两地牌”车辆批文自动延期，避免10万辆备案车辆和近20万名司机“二次跑腿”;升级自助查验通道，将持护照过境澳门的旅客纳入适用范围;设置“绿色生命通道”，年均为300多起跨境病人送医急救赢得宝贵时间;为乘车出入境的残障不便人士提供免下车随车查验……
回归祖国20年，澳门高速发展的奇迹让世界惊叹。现如今，珠海边检总站日均验放出入境人员超过47万人次，承担着全国四分之一的出入境客流量。
